मथुरा के सबसे प्रसिद्ध मंदिरों में है कृष्ण जन्मस्थली मंदिर, जो उस जेल के इर्द-गिर्द बना है जहां भगवान कृष्ण का जन्म हुआ था। इसी जेल में मथुरा के राजा और भगवान कृष्ण के मामा कंस ने उनके माता-पिता को बंद करके रखा था। देश के बेहद पावन मंदिरों में से एक यह मंदिर पुराने मथुरा के पश्चिम में पड़ता है। यहां श्रद्धालुओं का यूं तो साल भर तांता लगा रहता है, लेकिन त्योहारों के दौरान यह संख्या कई गुना बढ़ जाती है।
कहते हैं कि यहां भगवान कृष्ण की चार मीटर ऊंची शुद्ध ठोस सोने की मूर्ति थी, जिसे गज़नी के आक्रमण के दौरान यहां से चोरी कर लिया गया था। वर्तमान कृष्ण जन्मस्थान मंदिर की इमारत अपेक्षाकृत नई है। मंदिर के भीतर कृष्ण के जीवन से जुड़े प्रसंगों को सामने लाते चित्रों समेत भगवान कृष्ण, उनकी प्रेयसी राधा, बलराम की मूर्तियां स्थापित हैं। इनके अलावा एक गहरा सीढ़ीयुक्त पानी का तालाब भी है।